MarkNode 采用多层级设置系统。有些设置在所有项目中全局生效，有些仅适用于特定项目，还有一些可以按文件单独设置。设置会在你更改时自动保存。
设置页面
从应用程序菜单打开设置（macOS 上为 Cmd+,，Windows 和 Linux 上为 Ctrl+,）。对话框包含通用、编辑器和思维导图页面；当有项目打开时，还会出现项目页面。
通用
- 外观 — 从主题选择器中挑选应用程序主题。内置六款主题，另有一个跟随操作系统浅色/深色设置的系统选项。有关每款主题的外观以及思维导图和预览如何随之变化，请参阅应用程序主题。
- 资源位置 — 粘贴或拖入的图片的保存位置：项目中的默认文件夹、每个文档旁的子文件夹，或直接放在每个文档所在的文件夹中而不使用子文件夹。详见链接与媒体。
- 大纲 — 移动或删除标题前确认，为大纲编辑提供安全提示。
- 界面缩放 — 使用 −/+ 按钮将整个界面从 50% 缩放到 200%（“重置”恢复为 100%）。
编辑器
- 自动保存文件 — 短暂停顿后自动将更改写入磁盘。
- 最大内容宽度 — 编辑区域的最大宽度。
- 内容内边距 — 文档内容周围的内边距。
- 启用自动换行 — 在编辑器内换行显示长行，而不是水平滚动。
- 单击打开文件 — 在文件浏览器中单击是打开文件（默认开启）还是仅选中文件。
- 启用顶部工具栏 / 启用浮动工具栏 — 显示或隐藏主格式工具栏，以及选中文本时出现的上下文工具栏。
思维导图
- 默认主题 — 应用于没有自身主题的文档的思维导图主题。保持为跟随应用主题时，思维导图会自动与应用程序主题保持一致；也可以在此选择特定主题以固定使用（参见主题与样式）。
- 默认布局 — 应用于新文档的布局样式（参见布局与方向）。
- 思维导图位置 — 思维导图面板相对于编辑器的位置：左、右、上或下。
- 显示节点类型徽标 — 在节点上显示小型 H1–H6 / 列表徽标（默认关闭）。
- 最大标题级别 — 显示为节点的最深标题级别（H3 至 H6）。
- 项目符号标记 — 用于列表节点的标记（短横线或星号），并可切换是否包含项目符号和包含编号列表项。
项目
项目页面仅在有项目打开时出现：
- 文档根目录 — 用于解析文档中相对图片路径的基准目录。如果图片存放在子文件夹中且链接无法正确解析，请设置此项。
- 资源位置 — 覆盖此项目保存粘贴或拖入图片的位置，独立于通用设置中的默认值。参见按项目设置。
- 自动显示大纲面板 — 此项目是否自动打开大纲：记住上次状态、始终显示或始终隐藏。
按文件设置
思维导图的主题和布局可以为每个文件单独设置。在思维导图工具栏中所做的更改仅应用于当前文件，并存储在该文件的元数据中。全局思维导图默认值适用于所有未单独配置的文件。
始终显示模式
MarkNode 使用以下忽略来源在文件浏览器中隐藏文件：
.gitignore（以及你的全局 Git 忽略文件）.docstr-ignore.marknode-ignore
对忽略文件的任何更改都会立即生效——文件浏览器会自动更新，无需重启。
始终显示模式让你有选择地保持特定被忽略的文件或文件夹可见——例如某个构建工具忽略的 .markdown 源文件——而不必暴露忽略来源隐藏的其他所有内容，比如 node_modules 或构建输出。有关如何从侧边栏和右键菜单进行配置，请参阅文件浏览器。
模式使用 .gitignore 语法：* 和 ? 通配符、** 匹配任意深度、末尾的 / 仅匹配目录、开头的 ! 表示取反。模式分为两个级别：
- 全局模式 — 在此处的通用页面配置，适用于所有项目。
- 项目模式 — 在此处的项目页面配置，仅适用于单个项目。
一个项目的有效模式列表是其全局模式后接自身模式——项目模式可以扩展全局列表，也可以通过添加取反项来停用某一条继承的全局模式（而不改动全局列表）。两个页面都提供相同的导入模式… / 导出模式… 操作，用于备份列表或在多个项目间复用。