MarkNode 採用多層級的設定系統。有些設定會全域套用至所有專案，有些只套用至特定專案，還有一些可以針對個別檔案設定。設定會在你變更時自動儲存。
設定頁面
從應用程式選單開啟設定（macOS 上為 Cmd+,，Windows 與 Linux 上為 Ctrl+,）。對話框包含 一般、編輯器 與 心智圖 三個頁面，開啟專案時還會多出 專案 頁面。
一般
- 外觀 — 從佈景主題選擇器挑選應用程式佈景主題。內建六種佈景主題，另有 系統 選項可跟隨作業系統的淺色／深色設定。請參閱應用程式佈景主題了解各主題的外觀，以及心智圖與預覽如何一併套用。
- 資產位置 — 貼上或拖曳進來的圖片儲存位置：專案中的預設資料夾、每份文件旁的子資料夾，或直接與文件放在同一個資料夾而不建立子資料夾。詳情請參閱連結與媒體。
- 大綱 — 移動或刪除標題前先確認，這是大綱編輯的安全提示。
- 介面縮放 — 使用 −/+ 按鈕將整個介面縮放至 50% 到 200%（重設會回到 100%）。
編輯器
- 自動儲存檔案 — 短暫停頓後自動將變更寫入磁碟。
- 最大內容寬度 — 編輯區域的最大寬度。
- 內容邊距 — 文件內容周圍的留白。
- 啟用自動換行 — 在編輯器內將過長的行換行，而不是水平捲動。
- 單擊開啟檔案 — 在檔案總管中單擊是開啟檔案（預設開啟）還是僅選取檔案。
- 啟用頂端工具列 / 啟用浮動工具列 — 顯示或隱藏主要格式工具列，以及選取內容時出現的情境工具列。
心智圖
- 預設佈景主題 — 套用至本身沒有佈景主題之文件的心智圖佈景主題。維持 跟隨應用程式主題 時，心智圖會自動比對你的應用程式佈景主題；若要固定，可在此選擇特定佈景主題（請參閱佈景主題與樣式）。
- 預設版面配置 — 套用至新文件的版面配置樣式（請參閱版面配置與方向）。
- 心智圖位置 — 心智圖面板相對於編輯器的位置：左、右、上或下。
- 顯示節點類型標記 — 在節點上顯示小型的 H1–H6／清單標記（預設關閉）。
- 最大標題層級 — 顯示為節點的最深標題層級（H3 到 H6）。
- 項目符號標記 — 用於清單節點的標記（破折號或星號），以及 包含項目符號 與 包含編號 清單項目的切換選項。
專案
專案頁面只在開啟專案時出現：
- 文件根目錄 — 用來解析文件中相對圖片路徑的基準目錄。若你的圖片存放在子資料夾中而連結無法正確解析，請設定此項。
- 資產位置 — 覆寫此專案儲存貼上或拖曳進來之圖片的位置，獨立於「一般」頁面的預設值。請參閱專案專屬設定。
- 自動顯示大綱面板 — 此專案的大綱是否自動開啟：記住上次狀態、一律顯示或一律隱藏。
檔案專屬設定
心智圖的佈景主題與版面配置可針對每個檔案個別設定。在心智圖工具列中所做的變更只會套用至目前的檔案，並儲存在該檔案的中繼資料中。全域心智圖預設值會套用至任何尚未個別設定的檔案。
一律顯示樣式
MarkNode 會依據下列忽略來源，在檔案總管中隱藏檔案：
.gitignore（以及你的全域 Git 忽略檔）.docstr-ignore.marknode-ignore
忽略檔的任何變更都會立即生效——檔案總管會自動更新，不需要重新啟動。
一律顯示樣式 讓你有選擇地保留特定被忽略的檔案或資料夾可見——例如被建置工具忽略的 .markdown 原始檔——而不必暴露忽略來源隱藏的其他所有內容，例如 node_modules 或建置輸出。請參閱檔案總管了解如何從側邊欄與右鍵選單設定它們。
樣式採用 .gitignore 語法：* 與 ? 萬用字元、** 代表任意深度、結尾的 / 表示只比對目錄，以及開頭的 ! 表示反向排除。樣式分為兩個層級：
- 全域樣式 — 在此處的 一般 頁面設定，套用至每個專案。
- 專案樣式 — 在此處的 專案 頁面設定，只套用至單一專案。
一個專案的有效樣式清單，是其全域樣式後接自身的樣式——專案樣式可以擴充全域清單，或藉由加入否定條件來停用某一項繼承而來的全域樣式（而不會動到全域清單）。兩個頁面都提供相同的 匯入樣式… / 匯出樣式… 動作，可用於備份清單或跨專案重複使用。