MarkNode 採用多層級的設定系統。有些設定會全域套用至所有專案，有些只套用至特定專案，還有一些可以逐一檔案設定。設定會在您變更時自動儲存。
設定頁面
從應用程式選單開啟設定（macOS 為 Cmd+,，Windows 與 Linux 為 Ctrl+,）。對話框包含一般、編輯器與心智圖頁面；當有專案開啟時，還會出現專案頁面。
一般
- 外觀 — 從佈景主題選擇器挑選應用程式佈景主題。內建六種佈景主題，另有跟隨作業系統淺色／深色設定的系統選項。各佈景主題的外觀，以及心智圖與預覽如何一併跟隨，請參閱應用程式佈景主題。
- 圖片匯入 — 貼上或拖入的圖片儲存位置：專案中的預設資料夾（預設為
media）或與文件相同的資料夾。 - 大綱 — 移動或刪除標題前先確認，這是大綱編輯的安全提示。
- 介面縮放 — 以 −/+ 按鈕將整個介面縮放於 50% 至 200% 之間（「重設」會回到 100%）。
編輯器
- 自動儲存檔案 — 稍作停頓後自動將變更寫入磁碟。
- 最大內容寬度 — 編輯區域的最大寬度。
- 內容邊距 — 文件內容周圍的邊距。
- 啟用自動換行 — 在編輯器中將過長的行換行，而不是水平捲動。
- 單擊開啟檔案 — 在檔案總管中單擊是開啟檔案（預設啟用）還是僅選取檔案。
- 啟用頂端工具列 / 啟用浮動工具列 — 顯示或隱藏主要的格式工具列，以及選取內容時出現的內容相關工具列。
心智圖
- 預設佈景主題 — 套用至本身沒有佈景主題的文件的心智圖佈景主題。維持跟隨應用程式佈景主題時，心智圖會自動與您的應用程式佈景主題一致；若要固定使用特定佈景主題，可在此挑選（請參閱佈景主題與樣式）。
- 預設版面配置 — 套用至新文件的版面配置樣式（請參閱版面配置與方向）。
- 心智圖位置 — 心智圖面板相對於編輯器的位置：左側、右側、上方或下方。
- 顯示節點類型標記 — 在節點上顯示小型的 H1–H6／清單標記（預設關閉）。
- 最大標題層級 — 會顯示為節點的最深標題層級（H3 至 H6）。
- 項目符號標記 — 清單節點使用的標記（破折號或星號），以及包含項目符號清單項目與包含編號清單項目的開關。
專案
專案頁面僅在有專案開啟時出現：
- 文件根目錄 — 用來解析文件中相對圖片路徑的基準目錄。若您的圖片存放在子資料夾中且連結無法正確解析，請設定此項。
- 自動顯示大綱面板 — 此專案是否自動開啟大綱：記住上次狀態、一律顯示或一律隱藏。
個別檔案設定
心智圖的佈景主題與版面配置可以針對每個檔案個別設定。在心智圖工具列中所做的變更僅套用至目前的檔案，並儲存在該檔案的中繼資料中。全域心智圖預設值則會套用至任何尚未個別設定的檔案。
一律顯示的模式
MarkNode 會依下列忽略來源，在檔案總管中隱藏檔案：
.gitignore（以及您的全域 Git 忽略檔案）.docstr-ignore.marknode-ignore
對忽略檔案的任何變更都會立即生效 — 檔案總管會自動更新，不需要重新啟動。
一律顯示的模式讓您可以選擇性地保留特定被忽略的檔案或資料夾為可見 — 例如建置工具會忽略的 .markdown 原始檔 — 而不必連帶顯示忽略來源隱藏的其他所有內容，例如 node_modules 或建置輸出。關於如何從側邊欄與右鍵選單設定，請參閱檔案總管。
模式採用 .gitignore 語法：* 與 ? 萬用字元、** 代表任意深度、結尾的 / 表示只比對資料夾，開頭的 ! 則用於否定模式。模式分為兩個層級：
- 全域模式 — 在此處的一般頁面設定，套用至所有專案。
- 專案模式 — 在此處的專案頁面設定，僅套用至單一專案。
專案實際生效的模式清單，是其全域模式接著專案本身的模式 — 專案模式可以擴充全域清單，也可以為某個繼承而來的全域模式加上否定，以停用它（而不更動全域清單）。兩個頁面都提供相同的匯入模式… / **匯出模式…**動作，可用於備份清單或在不同專案間重複使用。