MarkNode 中的專案就是一個資料夾。開啟資料夾後，其檔案樹會載入至檔案瀏覽器，讓您的所有文件集中在同一處。您可以同時在不同視窗中開啟多個專案。
開啟資料夾
從選單列選擇 檔案 > 開啟專案資料夾。畫面會出現資料夾選擇器 — 瀏覽至您想做為專案根目錄的資料夾並確認。MarkNode 會開啟一個載入該資料夾的新視窗。
最近的專案
MarkNode 會保留您最近開啟過的 20 個資料夾清單。可從 檔案 > 最近的專案 取用。點擊任一項目即可在新視窗中重新開啟該資料夾。
若清單過於雜亂，可選擇子選單底部的 清除最近的專案，移除所有項目。
從命令列開啟
建立命令列啟動器後（見下文），您可以直接從終端機開啟檔案與資料夾：
marknode file.md
marknode folder/
marknode .- 傳入資料夾 會將其做為專案開啟，並顯示檔案瀏覽器。
- 傳入檔案 會以輕量檢視在編輯器中開啟該檔案 — 側邊欄會隱藏，讓您專注於該檔案。點擊導覽列中的「檔案」圖示即可顯示完整的專案樹。MarkNode 會在上層目錄中尋找
.dn專案設定資料夾以判定專案根目錄；若找不到，則使用該檔案的上層資料夾。 - 傳入
.會將目前的工作目錄做為專案開啟。
若 MarkNode 已在執行中，該檔案或資料夾會在現有實例中開啟，而不會另外啟動一份副本。
建立命令列啟動器
marknode 指令並不會自動安裝。若要進行設定，請前往 說明 > 建立命令列啟動器。MarkNode 會顯示包含 marknode 執行檔的資料夾，並提供將該路徑複製到剪貼簿的選項。將該資料夾加入您的 PATH，之後在任何新的終端機工作階段中皆可使用 marknode 指令。
以雙擊方式開啟檔案
MarkNode 會在安裝過程中將自己註冊為 .md 與 .markdown 檔案的處理程式。在 Finder（macOS）或檔案總管（Windows）中雙擊 Markdown 檔案，即可在 MarkNode 中以上述的輕量單檔檢視開啟 — 側邊欄會隱藏，檔案直接在編輯器中開啟。
若 .md 檔案關聯已被其他應用程式取得，您可以重新指定：
- macOS — 在
.md檔案上按右鍵，選擇 取得資訊，展開 打開檔案的應用程式，選取 MarkNode，然後點擊 全部更改。 - Windows — 在
.md檔案上按右鍵，選擇 開啟方式 > 選擇其他應用程式，選取 MarkNode，並勾選 一律使用此應用程式。
單擊開啟
預設情況下，在檔案瀏覽器中點擊檔案會選取它並在編輯器中開啟。若您偏好兩段式操作（單擊僅選取檔案、雙擊才開啟），請至 設定 > 編輯器 > 檔案開啟 關閉 單擊開啟檔案。